办公室：负责全馆日常运转工作和综合协调，承担文秘、机要、保密、档案、信访、会务、财务、后勤、资产管理、督查督办、联络接待等工作，起草馆综合文稿。

人事教育处（老干部工作处）：负责干部人事、机构编制、队伍建设、教育培训、人员管理及离退休人员的管理和服务工作。

直属机关党委：协助馆务会落实好机关党建工作责任，领导机关纪委做好馆及下属事业单位的纪检工作。领导工会、妇委会、青工委等群团组织开展工作。

法规宣传处：负责法治宣传、档案宣传工作，承担《档案》杂志编辑、出版、发行和档案信息网站、微信公众号等媒体的信息发布、管理维护以及重大活动的影像资料采集、整理与归档。负责档案学会工作。

收集整理处：负责接收党政机关、国有企事业单位、人民团体和临时机构的档案资料，征集散存在社会上的珍贵档案资料。负责馆藏档案资料的整理和修裱抢救工作。

科技信息处：负责馆信息化基础设施建设、电子政务建设和网络安全运行工作。负责“甘肃档案信息网”及“甘肃档案”微信公众号平台的技术维护、舆情技术监控工作。

电子文件管理处：负责档案数字资源建设、组织实施国家重点档案基础体系建设任务，开展馆藏档案数字化，推动档案“双套”进馆。负责馆藏档案数据库管理、应用系统建设，承担档案数据异地异质备份和档案仿真复制工作。

开发利用处（编研处）：负责馆藏档案资料的查阅、利用，举办展览，组织开展档案史料编纂，承担政府公开信息的查阅服务工作。负责本馆作为爱国主义教育基地的相关工作。

保管保护处：负责档案资料保管，档案利用的调卷、归卷工作。负责库房安全管理。组织开展馆藏档案资料的开放鉴定工作。编制《甘肃省档案馆指南》《全宗卷》。

后库管理处：负责后库规划建设，库房维护维修。承担备份档案的保管和保密工作。

保卫处：负责馆安全保卫工作，承担消防、监控、值班管理，对馆职工进行“人防、物防、技防”教育，定期组织安全突发事件模拟演练。